Troya’nın antik kalıntılarının bulunduğu alan, günümüzde Türkiye sınırları içindedir. Bölgede, yaklaşık 6000 yıl önceye, yani Bakır Çağı’na kadar uzanan bir yerleşim tarihi mevcuttur. Ancak bu döneme ait şehrin kimliği ve sakinlerinin özellikleri hakkında net bilgilere sahip değiliz. İlk kalıcı yerleşim izleri, Kumtepe civarında bulunmuştur ve MÖ 4800-4000 yıllarına tarihlenmektedir. Kumtepe Höyüğü, bu tarihten sonra da çeşitli yerleşim izleri içeren tabakalara sahiptir. Bölgedeki kazılar ilk olarak 1934 yılında Cincinnati Üniversitesi’nden J.L. Caskey ve J. Sperling tarafından gerçekleştirilmiştir.
Troya, MÖ 3000 yılında kurulmuş ancak MÖ 2500 yılında bir deprem sonucunda yıkılmıştır. Sonraki yüzyıllarda bölgede çeşitli göçler yaşanmış ve MÖ 7. yüzyılda Lidyalılar’ın egemenliği altına girmiştir. Pers egemenliği, MÖ 6. yüzyılın ortalarında başlamıştır. Persler, bölgeyi stratejik bir konum olarak görmüş ve bu nedenle elde tutmayı amaçlamışlardır. Yunan tarihçisi Herodot’a göre, Çanakkale Boğazı üzerine ilk köprüyü kuran Xerxes’tir.
Makedonya Kralı Büyük İskender, MÖ 334 yılında bölgeyi Perslerden almak istemiş ve Perslerle Granikos Nehri yakınlarında çarpışmıştır. Büyük İskender’in ölümünden sonra, bölgeyi yönetmek için Antigonos gibi ünlü komutanlar devreye girmiştir. Daha sonra, Balkanlardan gelen Galatlar bölgeye yerleşmiştir.
Bergama Kralı III. Attalos’un vasiyeti üzerine, MÖ 133 yılında Çanakkale Roma hakimiyetine girmiştir ve sonrasında Asia eyaletine bağlanmıştır. Roma İmparatorluğu’nun bölünmesinden sonra, bölge Bizans İmparatorluğu’nun egemenliğine girmiştir. İmparator Justinian, boğazın kontrolünü sağlamak amacıyla Sestos bölgesinde kale inşa ettirmiştir.
Türk hakimiyeti, 11. yüzyılın sonlarında deniz komutanı Çaka Bey’in seferleriyle başlamıştır. Ardından, Karesi Beyliği’nin yönetimiyle devam etmiş ve 1361 yılında Osmanlı İmparatorluğu’na katılarak yaklaşık altı asırlık bir Osmanlı dönemi başlamıştır.
